گياهان مواد وترشحات متنوعي توليد مي كنند كه به طور منظم اثراتي را وقتيكه توسط ديگرگياهان،ميكرواورگانيسمها يا حيوانات جذب مي شوند،اعمال مي كنند. به طور طبيعي مواد بيو اكتيوي وجود دارند كه به عنوان ecomones يا Infochemicales شناخته مي شوند ونقشهاي مهمي در ايجاد انتقال پيامها،شناسايي،دفاع،ممانعت وتوليد سم بازي مي كند. برخي از اين عوامل فقط به صورت برون گونه اي به عنوان آتوتوكسين،ممانعت كننده در جوانه زني وبه عنوان فرومونها(جذب كننده وعلايم جاده اي)عمل مي كنند. درصورتيكه گروه ديگركه Allelochemicales ناميده مي شوند، برديگر گونه هاي گياهي،ميكرواورگانيسمها وحيوانات اثر مي كند. گروهي از اينفوكمكالها كه Allelomones ناميده مي شوند، فقط براي اورگانيسمهاي توليدكننده مفيد هستند،Kairomones گروه ديگري هستند كه فقط براي مصرف كنندهها مفيد هستند و Synomones براي دو طرف (شركا) مفيد هستند. طبيعت اغلب واكنشها نا معلوم ونسبتا پيچيده است،بنابراين مشكل است كه اثرات مواد بيواكتيورا بدون ابهام وصريح طبقه بندي كنيم. درك صحيح ما از واكنشهاي شيميواكولوژيكي براي فهم مااز فرايندهاي اكوسيستم وبراي پيشرفت اكولوژيكي دراندازه گيري درست بقا گياه لازم است.مواد بيواكتيو گياهي اغلب مواد واسطه يا محصولات نهايي متابوليسم ثانويه است. بنابراين آنها به عنوان مواد ثانويه گياهي معرفي مي شوند.آنها به صورت زيستي از پيشروهاي حاصله از متابوليسم اوليه سنتز شده اند. (شكل1-12)مهمترين راههاي سنتزي آنهايي هستند كهاز متابوليسم قند وچربي از طريق استيل كوانزيم آ،موالونات،ايزوپنتنيل پيروفسفات بهترپنوييد و استروييدها،از متابوليسم آمينواسيد و قند از طريق اسيد شيكميك وراه استات پلي كيتيد به تركيبات فنولي ومشتقاتشان(مثلافنيل پروپانها،فلاونوييدها،تاننها،موادگوناگون گلسنگ)واز طريق آمينو اسيدها به الكالوييدهامنتج مي شود. تخمين زده مي شود كه صد هزار مواد طبيعي اكوبيوشيميايي فعال وجود دارند. جدول(3-1) خلاصه اي از مهمترين گروههاي موادوانتشار(پراكندگي)تاكسونوميك آنهافراهم مي كند. تنوع موادثانويه گياهي درطول فيلوژني گياهي افزايش يافت ودر اثر فعل وانفعالات با پارازيتهاي ميكروبي وحيوانات مصرف كننده كامل شد. از آنجاييكه متخصصين مكررا درموردتمام انواع مواد دفاعي و توكسينهاي به توافق رسيده اند،تغييرات يا سنتز مواد جديد بايستي به طور مداوم پديدار شود. اين سازگاريهاي طبيعي در مدت نسبتا كوتاهي رخ مي دهد.اينها بديهي است كه پراكندگي شيميواكوتيپهاي متفاوت و اكوتيپهاي قابل تشخيص شيميوتاكسنومي(مثل تفاوتهاي بين عطر گونه هاي متفاوت لامياسه)قابل ملاحظه است.

   تركيبات عمومي فنيل پروپان (رزينها، ليگنين شكل 14-1)مشتقات فنولها (تاننهاي غليظ شده) و فلاونوييدهاي اولين مواد دفاعي شيميايي بودند كه استخراج شدهاند.(شكل13-1)طيف مواد طبيعي به ميزان زيادي با محصولات رده استات-موالونات افزايش يافت وقتي كه آنژيواسپرمها (نهاندانگان) تكامل يافتند و فرمهاي علفي پديدار شدند. كميت (اندازه)اينفوكمكالها در گياهان بين بافتها ، اندامها و حتي سلولهاي افراد متفاوت است. (عناصر ترشحي و تانن ايديوبلاستها) آنها در طول پيشرفت گياه و فصول متفاوت تغيير مي كنند. غلظت مواد بيوژنتيك گياهي ممكن است به ميزان قابل ملاحظه اي در طول روز يا حتي ساعت تغيير كند (نوسان كند). حالات غذايي گياه و اثرات ايجاد كنندهاي استرس متفاوت باعث تغيير قابل ملاحظه اي در كميت و تركيب (جدول 4-1)  infochemical ها شده كه به نوبه خودفرايند هاي اكوسيستمها را تحت تاثير قرار مي دهد. حشرات بيشتر به گياهان استرس ديده و گياهاني كه به قدر كافي ذخيره نيتروژن دارند حمله مي كنند ، گياهان اساساًَ با افزايش توليد مواد دفاعي پاسخ مي دهند.

 روابط بيشمار از طريق انتقالات شيميايي بين ارگانيسم ها عمل مي كننذ. بنا بر اين تعدادي از وسيعترين و مهمترين پديده ها در زير توصيف ميشوند: